「正殿」也就是俗稱的「大殿」,其內向來是該寺廟最主要的祀神空間。在關渡宮的正殿,是由正中央的主祀神「媽祖殿」、左脇龍屏方位的「觀音佛祖殿」,以及右脇虎屏方位的「文昌帝君殿」等三殿所構成。其中媽祖的神龕以及群像,坐鎮於整個大殿的正中央,不論是神龕的門楣龕柱,抑或是斗拱雀替、天花鑿井和欄楯雕板的木雕,都可以說是精雕細琢、美輪美奐,同時也和三川殿一樣,是關渡宮經典代表木雕作品的典藏所在。至於觀音佛祖殿與文昌帝君殿的木雕表現,則是大多集中在神龕的表現上。

  目前所見的關渡宮正殿,是民國40年代起陸續重修而成,也是戰後開始啟動的重大修建工程之一。從民國42年(1953)起正式進行重建正殿,二年之後又加強媽祖殿的工程,之後才擴及到殿外的三川殿。至於當時主持修建工程與施作者,正是師承漳派名師陳應彬的黃龜理。因於這樣的殊勝因緣,所以在關渡宮的正殿與三川殿之中,典藏了國家藝師級的重要文化資產。

  綜觀關渡宮各殿的神龕,可以視為傳統建築與雕刻藝術的縮影,不論是木作、雕刻等工藝技術,都在各殿的神龕當中,充分地展現出傳統木雕藝術的極致美感,其中位在中央的「鎮殿媽祖神龕」,即是黃龜理藝師在民國45 年所造。關於這一座神龕,是仿造皇宮殿宇的建築規制與造型,其頂蓋是模仿木構建築的重簷屋頂,屋頂上又有一舖精美的牌坊,其題材選用「鳳凰牡丹」的圖案雕作。牌仿上為福祿壽三仙的立體人物作品,豎立在神龕的最高處,向人間賜福。屋簷下方作三層斗拱,拱的造型皆雕作象徵福氣的大象圖案,最後用一排花籃吊筒作為屋簷收尾的裝飾帶。神龕共作一對龍柱,一對花鳥柱,神房空間作祥龍圖案的花罩裝飾。

  其次屏堵部分的木雕裝飾,亦皆以透雕的工法雕作,運用透雕的透光性,增加圖案的光影視覺效果,同時也增加神龕的輕盈感。神龕下方的屏堵則採用浮雕工法,一則考量雕刻作品的結構性與安全性,二則為增加神龕整體穩重感的視覺效果。龕腳則作獸首吞腳的造型圖案。整體而言,此座神龕上半部追求輕盈的視覺效果,而下半部則有穩重的表現,配合彩繪與按金工藝,華麗不失莊嚴,是神龕工藝的極品佳作。