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文昌帝君殿是位於關渡宮正殿的右脇脅（左側），主要是供奉文昌帝君。文昌帝君又稱梓潼、文昌帝、濟順王、英顯王、梓潼夫子、梓潼帝君，以及靈應帝君，為主宰人間文運、功名、祿籍之神。
文昌帝君曾降筆於世，作《梓潼帝君化書》，自述其身世曰：「予生於周初，迄今有七十三化矣。西晉之末，再遊人間之初，忽至會稽之陰，見一隱者，年五十許，具香燈仰天而祈。時中春之夜，天文燦爛，張翼二宿昭然在上。俯而聽之，隱者姓張，適符列宿之一，予於是生焉。」其成為民間和道教所信奉的文昌帝君，與梓潼神亞子有關。依《晉書》所載，東晉寧康2年（374），蜀人張育自稱蜀王，起義抗擊前秦苻堅，英勇戰死，人們在梓潼郡七曲山為之建張育祠，并尊奉他為雷澤龍神。其時七曲山另有梓潼神亞子祠，因兩祠相鄰，後人將兩祠神名合稱張亞子，並稱張亞子仕晉戰歿。《明史．禮志》即這麼記載著：「梓潼帝君姓張名亞子，居蜀七曲山，仕晉戰歿，人為立廟祀之。唐宋屢封至英顯王。道家謂梓潼帝君掌文昌府事，及人間祿籍，故元加封為帝君，而天下學校亦有祠祀者，歲二月三日生辰，遣官致祭。」
「文昌」兩字為神名，亦為星名。從古代史部的記述考實，它在史記天官書、晉書天文志中，都是天文學上的星名，我國上古因有星辰的信仰，所以道教亦有星宿的崇拜。古命書《陽宅集成》中即記載著：「文昌足學飽經才，南極祥光照玉台，乾坤久固天齊福，神仙來慶壽筵開。」史記有云：「斗魁戴匡六星曰文昌宮。」文昌即是司科甲主文衡之星宿，文昌宮的六星是上將、次將、貴相、司命、司中和司祿，屬紫微垣。《索隱》有言：「上將威武，次將正左右，貴相理文緒，司祿賞功進士，司命主災咎，司中主左理也。」六星各有專司，掌理人間文運與祿籍，故為士人學子所崇拜。